AmbiguityRemover es un uso práctico, fácil de utilizar diseñado especialmente para ayudarle a encontrar cada boquete en la alineación y la caminata en cualquier dirección del boquete hasta que encuentre los sitios adyacentes de N que emparejan en las dos secuencias, donde N se puede fijar a partir la 1 a 10.
Todo entre los sitios adyacentes que emparejan y el boquete se considera “ambiguo alineada” y se pone en letras minúsculas así que el programa de AsymmetryCounter puede no hacer caso de él.