PhyloNet es una herramienta práctica, fácil de utilizar diseñada especialmente para ofrecer a usuarios una habitación de las herramientas para reconstruir y analizar relaciones evolutivas (no-treelike) reticulares. Particularmente, el paquete de programas informáticos incluye las características para deducir transferencia horizontal del gene de un par de especies/de árboles del gene, y detectar puntos de desempate interespecíficos de la recombinación en una alineación de la secuencia.
Además, tiene las capacidades para la lectura/almacenar redes filogenéticas, y comparar topologías de redes filogenéticas. Como los algoritmos para la reconstrucción de la red y la evaluación filogenéticas hacer uso de las técnicas algorítmicas del dominio de árboles filogenéticos, el paquete también contiene varias características árbol-orientadas, tales como módulos para computar las sub-estructuras máximas del acuerdo, las medidas de la distancia de Robinson-Foulds, el etc.
Aquí están algunas características dominantes de “PhyloNet”:
· MÁSTIL - sub-estructura máxima del acuerdo
· RF - Medida del árbol de Robinson-Foulds/de la diferencia simétrica
· RIATAHGT - un heurístico para detectar acontecimientos de HGT de un par de especies/de árboles del gene
· LCA - menos antepasado común de un sistema de nodos en un árbol
· RECOMP - un método ventana-basado para detectar puntos de desempate interespecíficos de la recombinación
· CHARNET - una herramienta para computar racimos, árboles y tripartitions en una red
· CMPNETS - una herramienta para computar la distancia entre dos redes
· NETPARS - una herramienta para anotar la parsimonia de redes filogenéticas
· COUNTCOAL - una herramienta para enumerar todos los panoramas coalescentes válidos de un gene dentro de las ramas de un árbol de la especie
· GENCPLEX - una herramienta para generar una formulación de MILP que se puede solucionar por CPLEX para los árboles de una especie y un sistema de árboles del gene
· GENST - una herramienta para generar los topoloties del árbol de la especie basados en los sistemas máximos de racimos compatibles.
· COMPUTE_ST (esta herramienta es una escritura del Perl) - para reconstruir el árbol de la especie de árboles del gene debajo del coalescente.
· INFER_ST - para deducir el árbol de la especie de árboles del gene. Los métodos contenidos incluyen el MDC, el MDC con tiempo, el VIDRIO, el consenso extendido de la mayoría y el voto Democratic.
· DEEP_COAL__COUNT - para contar el número de linajes adicionales contribuyó por un sistema de árboles del gene y de árboles de la especie
· SIM_GTINNETWORK - para simular árboles del gene bajo modelo de red filogenético en el papel del Biol 2010 del sistema de Yu y otros
Requisitos:
· Java
Cuál es nuevo en este lanzamiento: [changelog completo leído]
· Fijar algunos insectos en la versión previa.
· Las nuevas características para el MDC se agregan.
