AsymmetryScaler es un uso práctico, fácil de utilizar diseñado para tomar la matriz de la substitución producida por AsymmetryCounter y produce un índice de la asimetría, en el cual los aminoácidos se arreglan del lo más menos posible preferred en las especies 2 a la más preferred de las especies 2.
El cociente previsto de substituciones en una dirección (QAB, la proporción de sitios con el aminoácido A en la especie 1 y el aminoácido B en la especie 2) a las substituciones en la dirección opuesta (QBA) se relaciona con la diferencia en valores de índice de la asimetría usar la ecuación:
=AIB-AIA del ln (QAB/QBA)
